Die Jahre an der Berliner Universität schienen zunächst zum krönenden Abschluß von Hermann Onckens glänzender wissenschaftlicher Karriere zu werden. Die vorzeitige Emeritierung (1935) und die Beschränkung seiner Publikationsmöglichkeiten setzten jedoch seiner Lehrtätigkeit ein plötzliches Ende und bedeuteten darüberhinaus für ihn eine schwere persönliche Demütigung.
Hermann Oncken wurde am 16. November 1869 als Sohn eines Kunsthändlers in Oldenburg geboren. Hier wuchs er auch auf und erhielt seine Schulbildung. Oncken studierte Neuere Geschichte in Heidelberg und Berlin. Im Juli 1891 wurde er an der Friedrich-Wilhelms-Universität mit einer Arbeit über 'Oldenburgische Geschichtsquellen im Mittelalter' promoviert.
Bis 1894 arbeitete Oncken anschließend als wissenschaftlicher Hilfsarbeiter am Großherzoglichen Haus- und Zentralarchiv in Oldenburg. Auf der Grundlage seiner dortigen landesgeschichtlichen Forschungen wurde er 1898 bei Max Lenz in Berlin habilitiert.
Seinem Lehrer Max Lenz ist auch Onckens zukünftige Vertrautheit mit dem Werk Leopold von Rankes zuzuschreiben. Wie prägend dieser Einfluß war zeigte sich nicht nur in der scharfen publizistischen Auseinandersetzung mit Karl Lamprecht (1896), sondern auch in Onckens - über 30 Jahre später - formuliertem Selbstverständnis als 'Erneuerer einer distanzierten Objektivität und vorurteilsfreien Universalität'. Geschichte, so Oncken 1929, sei eine Wissenschaft, "die ihren Sinn und ihre Gesetze in sich selber trägt und doch mit dem Leben so eng verbunden ist: in das man immer wieder eintauchen möchte, um die Anschauung der Zeiten zu befruchten, und von dem man sich immer wieder ablösen muß, um dem historischen Verstehen seine Reinheit und Unabhängigkeit zu bewahren."
Oncken, der seit 1904 an der Berliner Kriegsakademie tätig war, nahm 1905-06 eine Gastprofessur an der Universität Chicago wahr, die sein Interesse an anglo-amerikanischer Geschichte verstärkte. Er übernahm 1906 das Ordinariat für Neuere Geschichte in Gießen. Bereits ein Jahr später wechselte er an die Universität Heidelberg, der er insgesamt 16 Jahre angehörte. Hier sammelte er seit 1915 als Vertreter der Universität in der Ersten Badischen Kammer auch Erfahrungen in der praktischen Politik. Bis 1918 agierte Oncken als Vorsitzender der Nationalliberalen Partei in Heidelberg, danach war er parteipolitisch nicht mehr organisiert. 1923 folgte er einem Ruf nach München. Angebote aus Wien, Göttingen und Hamburg lehnte er ab.
An allen genannten Orten gewann Oncken nicht zuletzt durch seine rhetorisch-eindrucksvollen, frei vorgetragenen Vorlesungen eine beträchtliche Anzahl von Schülern (u.a. Gerhard Ritter und Franz Schnabel).
Seit seiner Habilitation arbeitete Oncken vornehmlich an Themen der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts. 1904 erschien seine Biographie Ferdinand Lassalles, die auch innerhalb der Sozialdemokratie Anerkennung fand und ihn einer weiteren Öffentlichkeit bekannt machte. Sechs Jahre später legte er eine umfangreiche, zwei-bändige Biographie des nationalliberalen Parteiführers Rudolf von Bennigsen vor. Das besondere Verdienst dieser Arbeit (Friedrich Meinecke sah in dem 'Wälzer' nur 'Ansätze' zu einer glänzenden Biographie) lag in der Erforschung der deutschen Parteiengeschichte.
Neben einzelnen Essays (z.B.: 'Aus der Frühzeit Rankes' 1922) und einer Reihe von großen, mehrbändigen Quelleneditionen (zur Rheinlandpolitik Kaiser Napoleons III, 3 Bde., 1926; 'Großherzog Friedrich I. von Baden und die deutsche Politik von 1854 bis 1871', 2 Bde, 1927 sowie zur Vorgeschichte des Zollvereins, 3 Bde, 1934) legte Oncken 1933 die beiden Bände 'Das Deutsche Reich und die Vorgeschichte des Weltkrieges' vor. Auf der Grundlage neuerer Aktenveröffentlichungen und unter Einbeziehung gesamteuropäischer Entwicklungen wollte er so die Kriegsschuldfrage umfassend (historisch) erörtern. Das Werk fand allerdings keine breite öffentliche Resonanz, galt es in seinen Urteilen doch vielen entweder als zu zurückhaltend oder aber zu apologetisch. Letztere Meinung vertrat etwa Friedrich Meinecke, der aus diesem Grund eine Rezension ablehnte.
Im November 1927 hatte Oncken den Ruf nach Berlin erhalten, dem er im Frühjahr 1928 folgte. Er wurde hier - wie zuvor in Heidelberg und München - Nachfolger von Erich Marcks. Bereits im März 1928 wählte die Historische Reichskommission den neuen Ordinarius zum 1. Stellvertretenden Vorsitzenden. Onckens zu diesem Zeitpunkt wissenschaftspolitisch bedeutende Rolle läßt sich zudem an der Mitgliedschaft in den Akademien der Wissenschaften in München, Heidelberg, Göttingen und Berlin ablesen. Der Wechsel an die Friedrich-Wilhelms-Universität scheint für ihn persönlich dennoch nicht ganz unproblematisch gewesen zu sein. So hielt sein Fachkollege Fritz Hartung - nicht ohne Ironie - in einem Brief 1929 fest: "An Oncken machen wir wieder die Erfahrung, daß man nicht zu spät nach Berlin kommen soll; das Einleben in die hiesigen Verhältnisse ist nicht einfach. Bei Oncken spielt wohl auch noch eine leise Enttäuschung mit; im großen Berlin spielt selbst ein großer Professor keine besondere Rolle, es sei denn, daß er 80 Jahre alt wird."
Sah Oncken sich selbst als 'Liberaler' so wurde er von seinen Hörern und Schülern doch eher als 'konservativ' wahrgenommen. Manche erkannten auch 'völkische' Aspekte in seinen Vorlesungen. So kann es nicht überraschen, daß er der nationalsozialistischen Führung nach der Machtübernahme nicht a priori als Gegner galt. Das Preußische Kultusministerium stellte im August 1933 fest, daß gegen Oncken "auf Grund des Gesetzes vom 7.4.33 nichts zu veranlassen" sei.
Wohl aber galt er den staatlichen Stellen bald als 'entbehrlich', hatte Oncken doch 1934 sein 65. Lebensjahr vollendet und - nicht zuletzt - da man feststellte, daß "die politische Einstellung des Gelehrten (...) keineswegs nationalsozialistisch" sei. Dennoch wurde er Mitte März 1934 zum Vorsitzenden der Historischen Reichskommission gewählt.
Onckens ehemaliger Münchener Schüler Walter Frank, der auf die Gründung des 'Reichsinstituts für Geschichte des neuen Deutschlands' hinarbeitete, entfaltete in den folgenden Wochen und Monaten geradezu eine Kampagne gegen seinen Lehrer. Im neuen Reichswissenschaftsministerium wurde hierzu eine Materialsammlung 'Vorgänge betr. Prof. Oncken' angelegt. Nach mehreren publizistischen Attacken veröffentlichte Frank am 3. Februar 1935 auf der ersten Seite der Wochenendausgabe des 'Völkischen Beobachters' den Schmähartikel "L'Incorruptible, eine Studie über Hermann Oncken", der im Vorwurf von rückhaltlosem Opportunismus gipfelte. Drei Tage später wurde Oncken vom Rektor der Universität, dem Anthropologen Eugen Fischer zu einer Unterredung gebeten, an deren Ende - knapp eine Woche vor Abschluß des Semesters - der sofortige Abbruch der Vorlesungs- bzw. Lehrtätigkeit stand.
Während es von studentischer Seite gegen dieses Vorgehen zu einer Kundgebung kam, fand von Seiten der Fachkollegen, die sich in Privatbriefen an Oncken in der Regel empört zeigten, mit Ausnahme von Anton Ritthaler und Friedrich Meinecke kein öffentlicher Protest statt.
Am 23. Juli 1935 erhielt Oncken seine offizielle - von Hitler unterzeichnete - Entpflichtungsurkunde. Öffentlich bekanntgegeben wurde die Emeritierung erst Anfang Oktober 1935.
Die Kampagne gegen Oncken bedeutete für diesen nicht nur das vorgezogene Ende seiner Lehrtätigkeit. Noch vor der turnusgemäß anberaumten Sitzung der Historischen Reichskommission im Frühjahr 1935 wurde er als deren Vorsitzender abgesetzt. Zudem erfuhr er erhebliche Einschränkungen hinsichtlich seiner Veröffentlichungsmöglichkeiten. Innerhalb kurzer Zeit stand er fast völlig isoliert da.
In den folgenden Jahren blieb Oncken somit nur die Möglichkeit privater wissenschaftlicher Arbeit, was sich u.a. in den drei Essaybänden 'Nation und Geschichte', 'Cromwell' und 'Die Sicherheit Indiens' niederschlug.
Erst zu Beginn der 1940er Jahre lockerte das Regime seine strikte Haltung, und Oncken durfte verschiedene kleinere Schriften veröffentlichen bzw. wurde um einzelne Vorträge gebeten. Zunehmende Altersleiden und die verstärkten Luftangriffe auf Berlin ließen allerdings eine geregelte wissenschaftliche Arbeit kaum noch zu.
In Berlin ausgebombt und nach Göttingen evakuiert starb Hermann Oncken am 28. Dezember 1945.