Die Berliner Friedrich-Wilhelms-Universität erscheint in Egmont Zechlins Lebenslauf zweimal, und jedesmal trat er hier in eine neue Phase ein. In Berlin sammelte er seine ersten Erfahrungen als Student der Geschichte bei Friedrich Meinecke, und er beschritt hier zwanzig Jahre später mit seinem ersten Lehrstuhl auch eine wesentliche Etappe seiner Professorenlaufbahn. Als er größere Bekanntheit erreichte durch seine Beteiligung an der sogenannten Fischer-Kontroverse", hatte er Berlin allerdings längst den Rücken gekehrt.
Zechlin stammte aus einer Pfarrersfamilie und wuchs an den verschiedenen Dienstorten seines Vaters zwischen Danzig und Frankfurt am Main auf. Während des Ersten Weltkriegs arbeitete er nach einer schweren Verletzung als Kriegsberichterstatter. Sein Geschichtsstudium begann er 1919 in Berlin; noch vor seinem Abschluß wechselte er jedoch nach Heidelberg und promovierte 1922 bei Hermann Oncken mit einer Arbeit zu Bismarcks Stellung zum Parlamentarismus bei der Gründung des Norddeutschen Bundes". Die Politik Bismarcks behandelte er auch in seiner 1927 in Marburg eingereichten Habilitationsschrift über Die Staatsstreichspläne Bismarcks und Wilhelms II. 1890/1894"; in weiteren Veröffentlichungen untersuchte er die Außen- und Kolonialpolitik im Kaiserreich. Zechlins Interesse für die historische Verflechtung Europas mit der Welt hat sich wissenschaftlich besonders nach der einjährigen Weltreise niedergeschlagen, die er 1931-32 unternahm. Als Rockefeller-Stipendiat besuchte er damals Amerika und Ostasien. Neben der neueren deutschen Geschichte erschloß er sich in der Überseegeschichte, deren Betrachtung er bis zurück in die Antike ausdehnte, einen neuen Forschungsbereich. Hier plädierte er für einen Wechsel des Blickpunktes und für einen Verzicht auf das traditionelle eurozentristische Denken zugunsten einer wirklich weltgeschichtlichen Betrachtung". Marburg blieb für einige Jahre der Ausgangspunkt seiner wissenschaftlichen Tätigkeit, zunächst als Privatdozent, dann als außerordentlicher Professor. Denselben Status erhielt er 1936 in Hamburg, von wo er 1940 einem Ruf nach Berlin folgte.
Zechlin wurde in Berlin ordentlicher Professor für Übersee- und Kolonialgeschichte am Auslandswissenschaftlichen Institut der Friedrich-Wilhelms-Universität. Er leitete eine Fachgruppe für koloniale Geschichte in der 1940 gegründeten kolonialwissenschaftlichen Abteilung des nationalsozialistischen Reichsforschungsrates. Weder sein Berufsweg noch seine Schriften dieser Zeit lassen eine kritische Haltung gegenüber dem Regime erkennen. Ohne sich politisch besonders zu exponieren hat Zechlin seine akademische Karriere unter nationalsozialistischer Herrschaft verfolgt. In seinen Veröffentlichungen der ersten Kriegsjahre finden sich Phrasen, die das nationalsozialistische Expansionsstreben unterstützen. Er bewahrte sich jedoch auch den Anspruch, die Völker nicht nur als Objekte der europäischen Ausdehnung, sondern in ihrem Eigenleben" ergründen zu müssen. Den Widerstandskämpfer Arvid Harnack kannte Zechlin aus Marburg, beide waren nach Berlin gegangen und pflegten dort auch privaten Kontakt. Zechlin hat seine Erinnerungen an das Ehepaar Harnack, an die Verhaftung der beiden Widerstandskämpfer im Herbst 1942 und an seinen - vergeblich gebliebenen - Einsatz für Harnack viel später veröffentlicht. Seine fünfjährige Tätigkeit an der Friedrich-Wilhelms-Universität endete 1945.
Die Wiederaufnahme der Lehre an der Berliner Universität nach Kriegsende hat Zechlin nicht miterlebt; er blieb zunächst ohne Amt. 1948 folgte er einem Ruf nach Hamburg, beteiligte sich am Wiederaufbau des Historischen Seminars sowie an der Gründung des Hans-Bredow-Instituts für Rundfunk und Fernsehen, das er bis zu seiner Emeritierung leitete. Seine Forschungsinteressen galten nach der Veröffentlichung der Maritimen Weltgeschichte: Altertum und Mittelalter" im Jahre 1947 wieder verstärkt der deutschen Geschichte des 19. Jahrhunderts und dem Ersten Weltkrieg. In der als Fischer-Kontroverse" bekannt gewordenen Debatte um die Ursachen des Ersten Weltkriegs in Deutschland profilierte Zechlin sich als einer der heftigsten Kritiker seines Hamburger Kollegen Fritz Fischer. Fischers Erklärung außenpolitischer Aggression aus den inneren Strukturschwächen des Kaiserreiches war für Zechlin nicht akzeptabel, er blieb bei seiner Deutung außenpolitischen Handelns aus den internationalen Machtstrukturen. Seine vielbeachtete Monographie Die deutsche Politik und die Juden im Ersten Weltkrieg" erschien 1969, zwei Jahre nach seiner Emeritierung. In seinen posthum erschienenen, bis 1919 reichenden Erinnerungen läßt sich nachprüfen, in welchem Maß die konservative Interpretation eines Zeitraums, den er als Jugendlicher noch selbst miterlebt hatte, von der eigenen Erfahrung geprägt war.